Over REMIS+ Werkgroep NextGen Sequencing (NGS)

  • Team of REMIS+ Werkgroep »NextGen Sequencing (NGS)«

Present: Adri van der Zanden, Artur Sabat,Bert Niesters, John Rossen, Lesla Bruijnesteijn, Mirjam Kooistra-Smid, Monika Chlebowicz, Ruud Deurenberg, Theo Schuurs.

Absent: Rianne van Rhee, Richard de Boer (Eerste bijeenkomst: 25 mei 2016).

Projecten

  1. Typering gebaseerd op core-genoom multi-locus sequentie typering (cgMLST)
  2. Ontwikkeling van een uitbraakstam-specifieke real-time PCR
  3. Vaststellen van het resistoom van een bacteriële stam
  4. Ontrafelen van virulentie factoren van bacteriële stammen
  5. Identificatie van bacteriën met behulp van 16-23S sequentieanalyse op direct patiënten materiaal
  6. Identificatie van virussen, bacteriën, fagen, parasieten en schimmels met behulp van metagenomics
  7. Bacteriële plasmide analyses

Request form Next Generation Sequencing [Download]

Protocol voor het indienen van stammen voor moleculaire surveillance van CPE [Download]

Doelstelling:
Regionale capacity building voor het gebruik van next- and next-, next-generation sequencing technologieën in de klinische microbiologie en voor infectiepreventie.

Projectleider:
Dr. John WA Rossen

Projectleden:
Dr. Artur Sabat, UMCG
Dr. Mirjam Kooistra-Smid, CERTE/UMCG
Dr. Richard de Boer, CERTE
Prof. dr. Bert Niesters, UMCG
Dr. Theo Schuurs, Izore
Dr. Adri van der Zanden, LABMICTA
Dr. Ruud Deurenberg, UMCG
Dr. Monika Chlebowicz, UMCG
Dr. Silvia Garcia Cobos, UMCG
Dr. Rianne van Rhee, Izore
Dr. Lesla Bruijnesteijn, ISALA
Dr. Erik Bathoorn, UMCG
Prof. dr. dr. Bhanu Sinha, UMCG
Drs. Glen Mithoe, Certe
Dr. Alewijn Ott, Certe
Drs. Willem Vogels, Certe

Projectassistenten:
Erwin Raangs, UMCG
Sigrid Rosema, UMCG
Brigitte Duikhuizen, UMCG
Fenna Bosma, UMCG
Yvette Bisselink, UMCG
Hamideh Ahmad, UMCG
Willy Baas, UMCG
Dirk Snippe, UMCG
Walter de Boer, Izore
Evert van Zanten, CERTE
Guido Wisselink, CERTE
Vika Akkerboom, UMCG

Contactpersoon:
John Rossen: j.w.a.rossen@rug.nl

Documents

Oproep insturen materiaal voor validatie
Oproep 16S-23S rDNA NGS
  Aanvraagformulier 16S-23S rDNA NGS

Mirjam Kooistra-Smid
16S-23S rDNA NGS: kansen en uitdagingen

Glen Mithoe
16S-23S rDNA NGS op klinische samples van orthopedische patiënten

Alewijn Ott
16S-23S rDNA NGS: meer dan je dacht